次氯酸钠广泛用于包括自来水、中水、工业循环水、游泳池水、医院污水等等各种水体的消毒系统当中，能够有效溶于水的次氯酸钠还能够破坏氰根离子和苯环等，所以这种物质可以用作处理含氰废水和一些工业重度污染废水的高级氧化，还可以用于纸浆等漂白。高浓度的次氯酸钠液体还可以用于剥离设备及管道上附着的沾泥。真正让次氯酸钠发挥消毒作用的成分是它溶于水之后产生的次氯酸，它能使微生物的蛋白质变质，实验证明它能够有效杀减细菌、真菌及病毒。使用次氯酸钠漂白水在与细菌接触时，会产生氧化作用而破坏细菌会产生氧化作用而破坏细菌的细胞壁，进而杀死细菌（包含沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、弯曲狐菌、李低桿菌及大肠杆菌等），且使用后的漂白水也会还原成封人身无害的信盐水。